口服避孕藥是否會影響胎兒發育，導致胎兒畸形，尚無定論。但目前研究表明，口服避孕藥并不會引起胎兒畸形；但在某種情況下也有例外，如個別婦女在停服避孕藥后短期內懷孕，使胎兒發生多臟器畸形。

口服避孕藥進入人體后，在肝臟內代謝儲存，在停服6個月后，體內存留的避孕藥才能完全排出體外。因此，目前認為，長期服用避孕藥的婦女，如需要再生育子女時，應在停服避孕藥6個月以后，待體內存留的避孕藥完全排出體外，然后再懷孕才合適。在停藥后的半年之內可采取其他避孕措施。